นอกจากสารที่เป็นอันตรายแล้ว ยังมีแบคทีเรียและไวรัสจำนวนนับไม่ถ้วนในน้ำเสียอีกด้วย ดังนั้นการฆ่าเชื้อด้วยคลอรีนจึงถูกนำมาใช้กันอย่างแพร่หลายเพื่อฆ่าเชื้อแบคทีเรียและไวรัสในน้ำในระหว่างขั้นตอนน้ำทิ้งของน้ำประปาและโรงบำบัดน้ำเสีย
ในการบำบัดน้ำหล่อเย็นหมุนเวียนทางอุตสาหกรรม คลอรีนยังใช้ในการฆ่าเชื้อและกำจัดสาหร่ายอีกด้วย ในกระบวนการหมุนเวียนของน้ำหล่อเย็น เนื่องจากการระเหยของน้ำบางส่วน สารอาหารในน้ำจึงมีความเข้มข้น และแบคทีเรียและจุลินทรีย์อื่น ๆ จะขยายตัวในปริมาณมากและก่อให้เกิดสิ่งสกปรกที่เป็นเมือกได้ง่าย สิ่งสกปรกจากเมือกมากเกินไปจะทำให้ท่ออุดตันและสึกกร่อน
การทำคลอรีนมักเกี่ยวข้องกับการฉีดคลอรีนลงในน้ำเพื่อฆ่าเชื้อแบคทีเรียและจุลินทรีย์อื่นๆ ซึ่งมักจะอยู่ในคลอรีนบรรจุขวด
เพื่อรักษาผลในการฆ่าเชื้อแบคทีเรีย ควรเก็บคลอรีนตกค้างไว้ที่ {{0}}.5 ~ 1 มก./ลิตร ในน้ำที่ระบายออกและที่ส่วนท้ายของเครือข่ายจ่ายน้ำที่ 0 .05 ~ 0.1มก./ลิตร