หลักการฆ่าเชื้อด้วยโซเดียมไฮโปคลอไรต์มีอยู่ 3 ประการหลักๆ ดังนี้:
กรดไฮโปคลอรัสเกิดขึ้นจากการไฮโดรไลซิส และกรดไฮโปคลอรัสจะสลายตัวต่อไปเพื่อสร้างออกซิเจนใหม่จากระบบนิเวศ คุณสมบัติการออกซิไดซ์ที่รุนแรงของออกซิเจนใหม่จากระบบนิเวศจะทำให้สารต่างๆ เช่น โปรตีนในแบคทีเรียและไวรัสเสื่อมสภาพ จึงสามารถฆ่าจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรคได้
กรดไฮโปคลอรัสสามารถแทรกซึมเข้าไปในแบคทีเรีย (ไวรัส) และทำปฏิกิริยากับโพลีเมอร์อินทรีย์ เช่น โปรตีนของแบคทีเรีย (ไวรัส) กรดนิวคลีอิก และเอนไซม์ ทำให้สามารถฆ่าเชื้อจุลินทรีย์ที่ทำให้เกิดโรคได้
ไอออนคลอไรด์ที่ผลิตโดยกรดไฮโปคลอรัสสามารถเปลี่ยนความดันออสโมซิสของแบคทีเรียและไวรัสได้อย่างมีนัยสำคัญ ส่งผลให้เซลล์สูญเสียการทำงานและตายไป